为进一步规范港口建设费征收管理，切实减轻外贸和水运企业负担，财政部、交通运输部发布通知，自2016年4月1日起港口建设费征收将实行新规。
通知规定，对水运进港货物中属于船过船作业以及卸船未提离港口库场又直接办理转船转运的，无论收货人（或其代理人）是否发生变更，在水运全过程只征收一次港口建设费。但在转运港口提离港口库场并重新办理托运手续的，在转运港口应征收港口建设费。